Der leitende Entwickler von Assassins Creed Shadows versichert den Spielern, dass sich die Fokussierung auf einen einzelnen Protagonisten nicht wesentlich auf ihre Gesamterfahrung auswirken wird. Das Spiel enthält zwei spielbare Charaktere: Naoe, eine weibliche Shinobi, und Yasuke, eine historische afrikanische Samurai, eine Wahl, die eine Diskussion vor der Veröffentlichung generiert hat.
Bei den Fans kam es zu Bedenken, dass die Priorisierung eines Charakters zu fehlenden wichtigen Handlungspunkten oder einem Gameplay führen könnte. Der Kreativdirektor Jonathan Dumont sprach diese Bedenken an und beschrieb seinen eigenen ausgewogenen Ansatz: Er spielt normalerweise 3-5 Stunden mit einem Charakter, bevor er 2-3 Stunden lang zum anderen wechselt.
Dumont stellte jedoch klar, dass die Spieler nicht dafür bestraft werden, einen Charakter zu bevorzugen. Während jeder Protagonist einzigartige Einführungssequenzen und persönliche Handlungsstränge aufweist, passt sich die Erzählung des Spiels an die Wahl des Spielers an. Er ermutigt die Spieler, als ihren bevorzugten Charakter zu spielen:
"Ich glaube nicht, dass Sie viel vermissen werden. Es hängt wirklich von Ihrem Spielstil ab. Vielleicht denken Sie:" Lassen Sie uns sehen, wie sich das Spiel basierend darauf ändert, wer ich wähle. " Jeder Held hat seinen eigenen Anfang und seine persönlichen Missionen, aber das Kernerlebnis ist anpassbar.