Le développeur principal d'Assassin's Creed Shadows assure aux joueurs que se concentrer sur un seul protagoniste n'aura pas d'impact significatif sur leur expérience globale. Le jeu présente deux personnages jouables: Naoe, une femme Shinobi, et Yasuke, un samouraï africain historique, un choix qui a généré une discussion pré-libérée.
Des préoccupations sont apparues parmi les fans selon lesquels la priorisation d'un personnage pourrait conduire à manquer des points de l'intrigue cruciaux ou un gameplay. Le directeur créatif Jonathan Dumont a répondu à ces préoccupations, décrivant sa propre approche équilibrée: il joue généralement 3-5 heures avec un personnage avant de passer à l'autre pendant 2-3 heures.
Cependant, Dumont a précisé que les joueurs ne seront pas pénalisés pour avoir favorisé un personnage. Alors que chaque protagoniste possède des séquences d'introduction uniques et des scénarios personnels, le récit du jeu s'adapte au choix du joueur. Il encourage les joueurs à jouer comme personnage préféré:
"Je ne pense pas que vous manquerez beaucoup. Cela dépend vraiment de votre style de jeu. Vous pourriez penser:" Voyons comment le jeu change en fonction de qui je choisis. " Chaque héros a ses propres missions de début et personnelles, mais l'expérience de base est adaptable.