O desenvolvedor principal da Assassin's Creed Shadows garante aos jogadores que o foco em um único protagonista não afetará significativamente sua experiência geral. O jogo apresenta dois personagens jogáveis: Naoe, uma shinobi feminina e Yasuke, um samurai africano histórico, uma escolha que gerou discussão pré-lançamento.
Surgiram preocupações entre os fãs que priorizarem um personagem pode levar à falta de pontos cruciais da trama ou jogabilidade. O diretor criativo Jonathan Dumont abordou essas preocupações, descrevendo sua própria abordagem equilibrada: ele normalmente joga de 3 a 5 horas com um personagem antes de mudar para o outro por 2-3 horas.
No entanto, Dumont esclareceu que os jogadores não serão penalizados por favorecer um personagem. Enquanto cada protagonista possui sequências introdutórias únicas e histórias pessoais, a narrativa do jogo se adapta à escolha do jogador. Ele incentiva os jogadores a interpretar como seu personagem preferido:
"Acho que você não sentirá muita falta. Depende realmente do seu estilo de jogo. Você pode pensar: 'Vamos ver como o jogo muda com base em quem eu escolho'. Cada herói tem suas próprias missões iniciais e pessoais, mas a experiência principal é adaptável.