Lo sviluppatore principale di Assassin Creed Shadows assicura ai giocatori che concentrarsi su un singolo protagonista non avranno un impatto significativo sulla loro esperienza complessiva. Il gioco prevede due personaggi giocabili: Naoe, uno shinobi femminile e Yasuke, uno storico samurai africano, una scelta che ha generato discussioni pre-release.
Le preoccupazioni sono sorte tra i fan che dare la priorità a un personaggio potrebbe portare a punti di trama cruciali o gameplay. Il direttore creativo Jonathan Dumont ha affrontato queste preoccupazioni, descrivendo il suo approccio equilibrato: in genere gioca 3-5 ore con un personaggio prima di passare all'altro per 2-3 ore.
Tuttavia, Dumont ha chiarito che i giocatori non saranno penalizzati per favorire un personaggio. Mentre ogni protagonista vanta sequenze introduttive uniche e trame personali, la narrativa del gioco si adatta alla scelta del giocatore. Incoraggia i giocatori a giocare come personaggio preferito:
"Non credo che ti perderai molto. Dipende davvero dal tuo stile di gioco. Potresti pensare: 'Vediamo come il gioco cambia in base a chi scelgo.' Ogni eroe ha le loro iniziative uniche e missioni personali, ma l'esperienza di base è adattabile.