Pemaju utama Assassin's Creed Shadows 'memberi jaminan kepada pemain yang memberi tumpuan kepada protagonis tunggal tidak akan memberi kesan kepada pengalaman keseluruhan mereka. Permainan ini mempunyai dua watak yang boleh dimainkan: Naoe, seorang wanita shinobi, dan Yasuke, samurai Afrika bersejarah, pilihan yang telah menghasilkan perbincangan pra-pelepasan.
Kebimbangan timbul di kalangan peminat yang mengutamakan satu watak mungkin membawa kepada titik plot yang hilang atau permainan. Pengarah Kreatif Jonathan Dumont membincangkan kebimbangan ini, menggambarkan pendekatan seimbangnya sendiri: dia biasanya bermain 3-5 jam dengan satu watak sebelum beralih ke yang lain selama 2-3 jam.
Walau bagaimanapun, Dumont menjelaskan bahawa pemain tidak akan dihukum kerana memihak kepada satu watak. Walaupun setiap protagonis menawarkan urutan pengenalan yang unik dan jalan cerita peribadi, naratif permainan ini menyesuaikan diri dengan pilihan pemain. Dia menggalakkan pemain bermain sebagai watak pilihan mereka:
"Saya tidak fikir anda akan terlepas banyak, ia sangat bergantung pada gaya permainan anda. Anda mungkin berfikir, 'Mari kita lihat bagaimana perubahan permainan berdasarkan siapa yang saya pilih.' Setiap wira mempunyai misi permulaan dan peribadi mereka sendiri, tetapi pengalaman teras dapat disesuaikan.
