Nhà phát triển chính của Assassin Creed Shadows đảm bảo cho người chơi rằng việc tập trung vào một nhân vật chính sẽ không ảnh hưởng đáng kể đến trải nghiệm chung của họ. Trò chơi có hai nhân vật có thể chơi được: Naoe, một nữ Shinobi và Yasuke, một Samurai châu Phi lịch sử, một sự lựa chọn đã tạo ra cuộc thảo luận trước khi phát hành.
Mối quan tâm nảy sinh giữa những người hâm mộ rằng việc ưu tiên một nhân vật có thể dẫn đến việc bỏ lỡ các điểm cốt truyện quan trọng hoặc lối chơi. Giám đốc sáng tạo Jonathan Dumont đã giải quyết những mối quan tâm này, mô tả cách tiếp cận cân bằng của riêng mình: ông thường chơi 3-5 giờ với một nhân vật trước khi chuyển sang người kia trong 2-3 giờ.
Tuy nhiên, Dumont làm rõ rằng người chơi sẽ không bị phạt vì ủng hộ một nhân vật. Trong khi mỗi nhân vật chính tự hào có các chuỗi giới thiệu độc đáo và cốt truyện cá nhân, thì câu chuyện của trò chơi thích nghi với sự lựa chọn của người chơi. Anh ấy khuyến khích người chơi chơi như một nhân vật ưa thích của họ:
"Tôi không nghĩ bạn sẽ bỏ lỡ nhiều. Nó thực sự phụ thuộc vào phong cách chơi của bạn. Bạn có thể nghĩ, 'Hãy xem trò chơi thay đổi như thế nào dựa trên người tôi chọn.' Mỗi anh hùng có những nhiệm vụ bắt đầu và cá nhân độc đáo của riêng họ, nhưng trải nghiệm cốt lõi là thích ứng.